主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
本作作为系列第5季、开播15周年的作品，以“信息犯罪特命对策室”（简称：DICT）为舞台。DICT是一个追查利用高度信息技术、威胁国民生命与财产的信息犯罪的调查机构，其中最年长的刑警二宫奈美（泽口靖子 饰）曾多年在所辖警署工作，40岁时接受刑警培训，之后在生活安全科负责处理青少年犯罪等事务。她的搜查风格，是充分发挥生活安全科经验的“扎根社区型”。一贯秉持着“直面每一个人”的信条，始终帮助眼前有困难的人。如今，这样的二宫将要面对的是“看不见面孔的敌人”——信息犯罪。
